Empayar Jin ditewaskan oleh tentera Mongol yang kemudian mara untuk menewaskan Song selatan dalam sebuah perang yang berpanjangan dan berdarah. Perang ini merupakan perang pertama yang senjata api memainkan peranan yang penting. Pada tahun-tahun selepas peperangan tersebut yang kemudian dikenali sebagai Pax Mongolica, pengembara-pengembara Barat seperti Marco Polo membuat perjalanan sehingga ke China dan membawa balik laporan-laporan pertama tentang keajaibannya ke Eropah. Di China, orang-orang Mongol dibahagikan kepada mereka yang hendak mengekalkan diri di steppe dan mereka yang ingin mengamalkan adat resam bangsa Han.

Kublai Khan, cucu Genghis Khan, hendak mengamalkan adat resam bangsa Han dan mengasaskan Dinasti Yuan. Dinastinya merupakan dinasti pertama yang memerintah seluruh China dari Beijing sebagai ibu kotanya. Sebelum itu, Beijing ialah ibu kota Dinasti Jin yang tidak memerintah seluruh China. Beijing telah diserahkan kepada Dinasti Liao pada tahun 938, bersama-sama 16 buah prefektur Yan Yun.